Compete ao Conselho do II, com a devida articulação com as competências dos outros órgãos, nomeadamente com o Conselho de Diretores e o Conselho Científico:
- a)Propor ou pronunciar-se sobre o desenvolvimento de atividades que contribuam para a prossecução das finalidades do II, previstas no artigo 5.º;
- b)Pronunciar-se sobre os planos estratégicos anuais e plurianuais, emitindo parecer prévio;
- c)Pronunciar-se sobre o relatório de atividades científicas e orçamento do II, emitindo parecer prévio;
- d)Elaborar o seu regimento;
- e)Propor, por maioria de dois terços dos seus membros, a revisão do Regulamento;
- f)Criar formações permanentes ou eventuais do Conselho, designadamente Comissões especializadas, para análise de assuntos específicos no âmbito da missão do II;
- g)Exercer as demais competências que lhe sejam atribuídas pelo Presidente do II.