A missão do II, em conformidade com os seus Estatutos, é promover a investigação de excelência na Universidade de Aveiro, reforçando a inter, multi e transdisciplinaridade, a internacionalização e o impacto científico e social, assentes numa cultura de ética e integridade e em práticas de ciência aberta, sustentabilidade e eficiência na gestão de recursos.