O MMI integra no seu vasto espólio as seguintes coleções:
- a)Coleção da Pesca do Bacalhau;
- b)Coleção das Fainas Agro-Marítimas da Ria;
- c)Coleção de História Natural;
- d)Coleção de Pintura;
- e)Coleção de Gravura;
- f)Coleção de Desenho;
- g)Coleção de Escultura;
- h)Coleção de Fotografia;
- i)Coleção de Cerâmica;
- j)Coleção de Vidro;
- k)Coleção de Ourivesaria;
- l)Coleção de Mobiliário;
- m)Coleção de Têxteis;
- n)Coleção de Embarcações;
- o)Coleção de Maquetas de Embarcações e Outras;
- p)Coleção de Instrumentos Náuticos;
- q)Coleção de artesanato local;
- r)Fundos documentais de temática marítima e outros, reunidos no DocMar.