A coordenação operacional entre o CCOM do Porto e o Comando Sub-Regional de Emergência e Proteção Civil da Área Metropolitana do Porto, ou com o Centro de Coordenação Operacional Sub-Regional da Área Metropolitana do Porto, quando este se encontre ativado, assenta nos princípios da subsidiariedade e da coordenação vertical, sendo assegurada pelo Coordenador do CCOM do Porto e pelo Comandante Sub-Regional de Emergência e Proteção Civil da Área Metropolitana do Porto.