O modelo de estrutura orgânica é hierarquizado, com uma estrutura flexível, assente nas seguintes cinco unidades orgânicas e duas subunidades orgânicas.
Unidade Orgânica de Gestão de Recursos (UNOGER);
Unidade Orgânica de Desenvolvimento Estratégico (UNODE);
Unidade Orgânica de Gestão Urbanística e Atendimento (UNOGUA);
Unidade Orgânica de Cultura, Educação e Desporto (UNOCED);
Unidade Orgânica de Serviços Urbanos e Ambiente (UNOSUA);
Subunidade Administrativa de Atendimento (SAA);
Subunidade Administrativa de Serviços Escolares (SASE).