Aos doutorandos que não realizarem a tese de doutoramento mas que completarem com aproveitamento a restante parte letiva do curso será emitido um diploma de Estudos Avançados em Biociências Moleculares. Este diploma é emitido pelo ITQB NOVA, incluindo obrigatoriamente a referência ao programa em parceria com a FCT NOVA e os logótipos das duas instituições parceiras.