Cada mestrado será coordenado por:
Uma Comissão de Curso, constituída por um estudante de cada ano e por igual número de docentes do curso, exercendo um destes as funções de Diretor de Curso;
Uma Comissão Científica, constituída por três membros doutorados ou especialistas da área, um dos quais exercerá as funções de Presidente.
A eleição da Comissão e Diretor de Curso é efetuada de acordo com o estipulado nos Estatutos do IPB.
A Comissão Científica e seu Presidente são nomeados pelo Conselho Técnico-Científico da Escola que confere o grau.
As competências da Comissão e Diretor de Curso são as estipuladas nos Estatutos do IPB.
As competências da Comissão Científica incluem a seleção dos candidatos, de acordo com o artigo 6.º deste regulamento, e a regulação do funcionamento da dissertação ou trabalho de projeto ou estágio profissional objeto de relatório final do ciclo de estudos conducente ao grau de Mestre, de acordo com os artigos 10.º a 17.º deste regulamento.