À secção de águas compete a coordenação e gestão dos seguintes setores:
- 1 -Sector de abastecimento de água;
- 2 -Sector de saneamento de águas residuais domésticas;
- 3 -Sector de planeamento, projetos e fiscalização;
- 4 -Sector de manutenção de infraestruturas e equipamentos;
- 5 -Sector comercial;
- 6 -Armazém.