A Direção Executiva tratando-se de um órgão de apoio ao Presidente do CiiEM, deve reunir bimestralmente por convocatória do Presidente. Na ausência do Presidente do CiiEM e não fazendo este representar-se por nenhum elemento da Direção da Egas Moniz, as reuniões são lideradas pelo Diretor Executivo. A Direção Executiva é constituída por:
- a)Diretor Executivo do CiiEM;
- b)Subdiretor Executivo do CiiEM (se ativado pelo Presidente do CiiEM);
- c)Gabinete de Acompanhamento de interligação de Investigação/Desenvolvimento/Ensino;
- d)Observatório do CiiEM;
- e)Unidades Especiais do CiiEM.