As instalações afetas ao CROAF compreendem áreas distintas, interligadas entre si funcionalmente:
Receção e atendimento ao público;
Instalações Sanitárias;
Canil e gatil com capacidade para receberem 173 animais;
Parque de recreio exterior para cães;
Gabinetes Médico-Veterinários destinados à execução da profilaxia médica e sanitária, determinadas por Lei, nomeadamente vacinação antirrábica e identificação eletrónica de animais, bem como realização de qualquer procedimento médico;
Área de apoio;
Sala de refrigeração, com arcas frigoríficas para o armazenamento de cadáveres de animais.