As áreas de protecção a valores do património natural incluem:
1) As principais albufeiras, Campilhas e Fonte Serne. Pela sensibilidade das interfaces e envolventes e pela crescente pressão a que estão sujeitas, qualquer tipo de ocupação nesta área só poderá ser promovida mediante um plano de ocupação das margens aprovado pela Câmara Municipal e pela Direcção-Geral dos Recursos Naturais;
2) A envolvente da lagoa de Santo André. Esta envolvente está sujeita a plano específico de ordenamento;
3) Dunas litorais e praias.