Compete à comissão de fiscalização:
a) Acompanhar o funcionamento do INH e velar pelo cumprimento das leis e regulamentos aplicáveis;
b) Acompanhar a execução dos planos de actividades e orçamentos anuais e ainda efectuar o controle mensal de execuções dos mesmos;
c) Emitir parecer sobre o orçamento, relatório e contas anuais do INH;
d) Verificar a regularidade dos livros, registos contabilísticos e documentos que lhe servem de suporte, examinar periodicamente a situação financeira e económica do INH e proceder à verificação dos valores patrimoniais;
e) Emitir parecer sobre qualquer assunto que seja submetido à sua apreciação pelo conselho directivo ou pelo conselho consultivo, ou sobre o qual entenda dever pronunciar-se;
f) Informar o conselho directivo das irregularidades que detecte.