A execução do FER subordina-se aos seguintes princípios:
a) Boa gestão e razoabilidade financeira, visando a racionalização e optimização do financiamento público;
b) Coerência e complementaridade face a outras políticas e meios disponíveis;
c) Rigor e eficácia na gestão e acompanhamento e fiabilidade dos mecanismos de certificação, avaliação e controlo;
d) Simplificação administrativa e utilização das novas tecnologias na execução do FER.