1 - A SCML encontra-se organizada em departamentos e serviços instrumentais.
2 - São departamentos da SCML:
a) O departamento de acção social e saúde;
b) O departamento da qualidade e inovação;
c) O departamento de empreendedorismo e economia social;
d) O departamento de gestão imobiliária e património;
e) O departamento de jogos.
3 - Integram ainda a SCML o Hospital Ortopédico de Sant'Ana, o Centro de Medicina de Reabilitação do Alcoitão e a Escola Superior de Saúde do Alcoitão.
4 - Os serviços instrumentais necessários à prossecução das atribuições da SCML são definidos em regulamento orgânico a aprovar pela mesa.