Compete ao conselho diretivo:
a) Aprovar as políticas gerais de investimento e funcionamento da Fundação;
b) Aprovar o plano de atividades e orçamento da Fundação para o ano seguinte;
c) Aprovar o relatório anual de atividades e contas;
d) Organizar e gerir os serviços;
e) Emitir regulamentos internos;
f) Gerir o património da Fundação, sem prejuízo do disposto no n.º 2 do artigo 11.º da Lei-Quadro das Fundações;
g) Contratar e dirigir o pessoal da Fundação;
h) Nomear o director do Museu;
i) Decidir sobre a criação de Núcleos Museológicos e aprovar o programa museológico dos Núcleos;
j) Formular e aprovar a política de incorporações do Museu;
l) Analisar e aprovar projectos e actividades da Fundação, bem como apoios e incentivos a conceder a terceiros, dentro dos limites fixados pelo orçamento e pelo plano de actividades;
m) Constituir e manter sistemas internos de controlo contabilístico, nomeadamente livros e registos respeitantes ao património da Fundação, transacções e saídas de fundos, que permitam a aferição permanente da situação patrimonial e financeira da Fundação;
n) Propor ao conselho de fundadores o montante da contribuição das entidades equiparadas a fundadores.
o) Aprovar o valor da contrapartida, no caso de subconcessão de bens do domínio público ferroviário à Fundação, ouvido o fiscal único;
p) Submeter à aprovação do membro do Governo responsável pela área das infraestruturas o mapa de pessoal da Fundação, o plano de atividades e orçamento, o relatório anual de atividades e contas e os demais atos previstos nos termos do artigo 57.º da Lei-Quadro das Fundações;
q) Exercer os demais poderes previstos nos presentes Estatutos e que não estejam atribuídos a outro órgão.