O CNPRP compreende os seguintes serviços:
- a)Direcção de Serviços Administrativos e Financeiros;
- b)Departamento de Avaliação e Prevenção de Riscos Profissionais;
- c)Departamento de Certificação e Recuperação de Incapacidades;
- d)Direcção de Serviços de Reparação de Riscos Profissionais;
- e)Gabinete Jurídico;
- f)Gabinete de Gestão de Pessoal;
- g)Gabinete de Organização e Informática;
- h)Gabinete de Programação e Avaliação;
- i)Gabinete de Relações Públicas e Documentação;
- j)Gabinete de Auditoria.