O modelo de governação nacional do Instrumento SAFE estrutura-se em três níveis de coordenação, auditoria e controlo:
- a)O nível de coordenação política é assegurado pelos membros do Governo responsáveis pelas áreas dos negócios estrangeiros, das finanças, da economia e coesão territorial e da defesa;
- b)O nível de coordenação técnica, gestão e monitorização é assegurado por uma Estrutura de Missão, com o apoio técnico da Entidade do Tesouro e Finanças (ETF) e da Entidade Orçamental (EO), no âmbito das respetivas atribuições;
- c)O nível de auditoria e controlo é assegurado pela Comissão de Auditoria e Controlo do SAFE (CAC-SAFE).