A organização interna da SGPCM obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas relativas à gestão de recursos humanos, mobilidade, sustentabilidade e aquisições, financeiros, à estratégia e prospetiva, serviços jurídicos, auditoria e inspeção, relações internacionais, media e comunicação, relações públicas, sistemas de informação, arquivo e documentação, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Nas demais áreas, o modelo de estrutura matricial.