O sistema orgânico da autoridade marítima consiste no quadro institucional formado pelo conjunto de órgãos posicionados nos níveis central, regional e local intervenientes nas seguintes áreas:
- a)Segurança marítima, no que respeita ao tráfego de navios e embarcações, à salvaguarda da vida humana no mar e ao assinalamento marítimo;
- b)Preservação do meio marinho, no que respeita aos recursos vivos, à defesa contra agentes poluidores, ao combate à poluição, à vigilância do litoral e à defesa das áreas do património público;
- c)Preservação e protecção dos recursos do leito do mar e do subsolo marinho e do património cultural subaquático.