O MAPA, para a consecução dos seus objectivos, compreende:
1) O Conselho Nacional de Agricultura, Pescas e Alimentação;
2) Serviços centrais de concepção, coordenação e apoio directo ao Ministro no âmbito da definição e implementação da política global nos domínios agrário e alimentar e da coordenação das actividades do Ministério:
- a)Secretaria-Geral;
- b)Inspecção-Geral e Auditoria de Gestão;
- c)Secretariado Agrícola para as Relações Europeias;
- d)Direcção-Geral de Planeamento e Agricultura;
3) Serviços centrais de concepção, coordenação e apoio no âmbito da definição e implementação da política global das pescas e da coordenação das actividades do sector:
- a)Direcção de Serviços de Apoio Técnico-Administrativo;
- b)Gabinete de Estudos e Planeamento das Pescas;
4) Serviços centrais especializados de concepção, coordenação e apoio na definição e implementação de políticas sectoriais nos domínios agrário e alimentar:
- a)Direcção-Geral da Pecuária;
- b)Direcção-Geral das Florestas;
- c)Direcção-Geral de Hidráulica e Engenharia Agrícola;
- d)IAPA - Instituto de Apoio à Transformação e Comercialização dos Produtos Agro-Alimentares;
- e)Instituto de Qualidade Alimentar;
- f)Instituto Nacional de Investigação Agrária;
- g)Instituto da Vinha e do Vinho;
5) Serviços centrais especializados de concepção, coordenação e apoio na definição e implementação de políticas sectoriais das pescas:
- a)Inspecção-Geral das Pescas;
- b)Direcção-Geral das Pescas;
- c)Instituto Nacional de Investigação das Pescas;
- d)Instituto Português de Conservas e Pescado;
- e)Escola Profissional de Pesca de Lisboa;
6) Serviços regionais de execução das políticas agrária e alimentar:
- a)Direcção Regional de Agricultura de Entre Douro e Minho;
- b)Direcção Regional de Agricultura de Trás-os-Montes;
- c)Direcção Regional de Agricultura da Beira Litoral;
- d)Direcção Regional de Agricultura da Beira Interior;
- e)Direcção Regional de Agricultura do Ribatejo e Oeste;
- f)Direcção Regional de Agricultura do Alentejo;
- g)Direcção Regional de Agricultura do Algarve.