O exercício das funções de auditoria subordina-se aos seguintes princípios orientadores:
- a)Existência de um modelo único para todo o QREN, que acolha as especificidades que decorrem das características particulares dos fundos estruturais, do fundo de coesão e dos PO;
- b)Promoção de acções de coordenação e articulação entre as diferentes entidades, garantindo a eficiência e a eficácia na sua articulação;
- c)Boa gestão financeira na utilização dos fundos disponibilizados através do QREN;
- d)Garantia do respeito pela separação de funções.