O IGIF tem por missão gerir os recursos financeiros do Serviço Nacional de Saúde e promover novos modelos de gestão, designadamente:
- a)A consecução do planeamento operacional do Serviço Nacional de Saúde;
- b)A definição dos critérios de financiamento do sistema de saúde;
- c)A definição de critérios e modelos de contratação de prestação de cuidados de saúde;
- d)A organização e melhoria do aprovisionamento específico da saúde;
- e)O desenvolvimento de um sistema de informação e respectiva infra-estrutura capaz de sustentar a prossecução daqueles fins e permitir uma gestão eficaz e racional dos recursos económico-financeiros disponíveis.