Na dependência directa do Secretário Regional da Economia funcionam os seguintes organismos e fundos autónomos:
Centro Regional de Apoio ao Artesanato (CRAA);
Centro Regional de Informação e Mercados Agrícolas (CRIMA);
Fundo Regional de Abastecimentos (FRA);
Fundo Regional de Transportes (FRT);
Instituto de Apoio Comercial à Agricultura, Pecuária e Silvicultura (IACAPS);
Instituto de Inovação Tecnológica dos Açores (INOVA);
Instituto de Investimento e Privatizações dos Açores (IIPA);
Juntas Autónomas dos Portos de Ponta Delgada, Angra do Heroísmo e Horta;
Laboratório de Análises e Ensaios (LAE).