A organização interna do DPP obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade relativas a construção de cenários prospectivos para o desenvolvimento sustentável da economia portuguesa, análise dos factores e das políticas para o reforço da competitividade das cidades no contexto da globalização, e estudo dos impactos de riscos ambientais globais e das políticas para sua mitigação na economia portuguesa, o modelo de estrutura matricial;
- b)Nas restantes áreas de actividade, o modelo de estrutura hierarquizada.