A organização interna dos serviços obedece ao seguinte modelo estrutural misto:
- a)Nas áreas de actividade de apoio administrativo, apoio técnico-jurídico, gestão de recursos humanos, financeiros e patrimoniais, o modelo de estrutura hierarquizada;
- b)Na área da modernização, inovação e políticas de qualidade transversais ao MADRP, o modelo de estrutura matricial, assente em equipas multidisciplinares.