O IPB integra as seguintes unidades orgânicas:
- a)Unidades orgânicas de ensino e investigação:
- i)Escola Superior Agrária de Bragança (ESA);
- ii)Escola Superior de Educação de Bragança (ESE);
- iii)Escola Superior de Tecnologia e Gestão de Bragança (ESTiG);
- iv)Escola Superior de Comunicação, Administração e Turismo de Mirandela (EsACT);
- v)Escola Superior de Saúde de Bragança (ESSa).
- b)Unidade de suporte à transferência de conhecimento e tecnologia: Unidade de Transferência de Conhecimento e Tecnologia (UTCT).