Compete à Assembleia do Instituto:
- a)Eleger o seu Presidente;
- b)Eleger o Diretor do IIFA;
- c)Elaborar a proposta de Estatutos do IIFA;
- d)Emitir parecer sobre os regulamentos das Unidades de Investigação que o compõem;
- e)Aprovar as linhas de orientação estratégicas do Instituto;
- f)Aprovar o plano, o relatório anual de atividades e a distribuição de verbas ao IIFA;
- g)Acompanhar o funcionamento do IIFA e elaborar recomendações;
- h)Propor a destituição do diretor nos termos legais e dos Estatutos.