A autonomia pedagógica do ISEL envolve a capacidade para nos termos da lei:
- a)Definir os métodos e as condições de ensino e de aprendizagem;
- b)Estabelecer as regras de acesso, reingresso, mudança de par instituição/curso, concursos especiais bem como os critérios de matrícula e inscrição;
- c)Estabelecer os regimes de frequência, avaliação, precedência e prescrição;
- d)Estabelecer o calendário académico.