A comissão científica é o órgão responsável pela definição e condução genéricas da actividade científica do IGIDL. Compete-lhe designadamente:
1) Estimular as actividades científicas do Instituto e promover a colaboração com outras instituições congéneres nacionais e internacionais;
2) Discutir e aprovar o relatório e o plano de actividades anuais;
3) Planificar as acções de formação em que o Instituto colabore;
4) Acompanhar a actividade dos estagiários e dos assistentes de investigação, de modo a assegurar a sua adequada formação científica e a sua plena integração no IGIDL;
5) Emitir directrizes gerais relativas às actividades da Biblioteca e de outros serviços científicos do IGIDL;
6) Aprovar os acordos e contratos de incidência científica ou pedagógica entre o Instituto e quaisquer outras entidades;
7) Definir as prioridades orçamentais do Instituto;
8) Dar parecer sobre abertura de concursos de ingresso ou de promoção de pessoal científico, bem como sobre as propostas de contratação de colaboradores científicos eventuais.