1 - Para efeitos do alojamento, os animais que estão à guarda do CROAA são divididos em grupos distintos, nomeadamente:
a) Animais em sequestro sanitário;
b) Animais que apresentem um comportamento sujeito a pôr em causa a segurança das pessoas ou de outros animais;
b) Animais errantes capturados e que se encontrem a cumprir o prazo legal de reclamação (período mínimo de 15 dias);
c) Animais para adoção, designadamente aqueles que cumprem os requisitos para poderem ser adotados e não foram reclamados pelos seus detentores no prazo disposto na lei;
d) Animais em observação/isolamento por motivos médico veterinários.
2 - Todos os animais recolhidos são submetidos a exame clínico pelo Médico Veterinário Municipal que elabora uma ficha de identificação animal.
3 - Todos os animais alojados no CROAA deverão estar alojados em boxes.
4 - Os animais em sequestro sanitário e observação por suspeita de raiva são alojados, obrigatoriamente, em boxes destinadas especificamente para esse fim.
5 - Os animais acolhidos que não sejam reclamados pelos seus detentores no prazo de 15 dias, a contar da data da sua recolha, são obrigatoriamente esterilizados.
6 - As fêmeas e machos da mesma espécie podem coabitar, desde que estejam esterilizados.
7 - Quando o CROAA se encontre com 80 % da lotação total ocupada, poderá ser recusada a entrada de animais, sendo a situação avaliada casuisticamente.