1 - A Ordem dispõe de órgãos próprios e a sua organização interna está sujeita ao princípio da separação de poderes.
2 - São órgãos de competência genérica da Ordem:
a) A nível sub-regional, a assembleia sub-regional e o conselho sub-regional;
b) A nível das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, a assembleia regional das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira, o conselho médico das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira e o conselho fiscal das Regiões Autónomas dos Açores e da Madeira;
c) A nível regional, a assembleia regional, o conselho regional e o conselho fiscal regional;
d) A nível nacional, a assembleia de representantes, o conselho nacional, o bastonário, o conselho superior e o conselho fiscal nacional.
3 - São órgãos de competência disciplinar:
a) Os conselhos disciplinares regionais;
b) O conselho superior.
4 - São órgãos técnicos consultivos, os colégios.
5 - São órgãos consultivos de competência específica:
a) O conselho nacional de ética e deontologia médica;
b) O conselho nacional de ensino e educação;
c) O conselho nacional para a formação profissional contínua;
d) O conselho nacional para o serviço nacional de saúde/carreiras médicas;
e) O conselho nacional de exercício da medicina privada e convencionada;
f) O conselho nacional da solidariedade social;
g) O conselho nacional de prevenção do erro médico e eventos adversos graves;
h) O conselho nacional para atribuição de patrocínio científico;
i) O conselho nacional da pós-graduação;
j) O conselho nacional da política do medicamento;
k) O conselho nacional dos cuidados continuados;
l) O conselho nacional para as tecnologias de informática na saúde;
m) O conselho nacional para a auditoria e qualidade;
n) O conselho nacional de ecologia e promoção da saúde;
o) O conselho nacional do médico interno.