Compete à Unidade de Sistemas de Informação, abreviadamente designada por USIF:
a) Definir a arquitetura aplicacional dos sistemas de informação que se encontrem sob responsabilidade da Agência, I. P.;
b) Elaborar e implementar o plano estratégico dos sistemas de informação dos fundos;
c) Desenvolver, testar, implementar e manter atualizados os sistemas de informação necessários à aplicação dos fundos europeus e de outros instrumentos, incluindo o Balcão dos Fundos e a Plataforma de Dados;
d) Colaborar no desenho, desenvolvimento, teste e implementação dos mecanismos de articulação, interoperabilidade e intercâmbio de informação entre os sistemas de informação da Agência, I. P., e os sistemas das demais entidades envolvidas na gestão dos fundos europeus, e entre estes sistemas e os sistemas de informação da administração pública, essencialmente no âmbito do balcão dos fundos;
e) Assegurar, em articulação com as autoridades de gestão, a coordenação dos sistemas de informação nomeadamente do Balcão dos Fundos e da plataforma de conceção e implementação de formulários;
f) Desenvolver, testar, implementar e manter atualizado o sistema de informação interno da Agência, I. P.;
g) Definir, documentar e operacionalizar a arquitetura das plataformas física e tecnológica de informação e das redes de comunicação do domínio da Agência, I. P., assegurando o seu adequado funcionamento;
h) Gerir todos os ativos tecnológicos da Agência, I. P., e o respetivo ciclo de vida, assegurando a continuidade da operação e a gestão de capacidade da infraestrutura tecnológica e dos equipamentos afetos aos utilizadores;
i) Definir e implementar as regras e os procedimentos de segurança dos sistemas de informação do domínio da Agência, I. P., de acordo com os padrões regulamentares, designadamente na integridade, propriedade e sigilo dos dados e na fiabilidade das comunicações;
j) Desenvolver, em articulação com as outras unidades orgânicas da Agência, I. P., processos de simplificação funcional e otimização de serviços aplicacionais;
k) Assegurar a interlocução, no plano técnico, com entidades nacionais ou internacionais na respetiva área de atuação.