À Unidade de Planeamento Estratégico e Controlo de Gestão, abreviadamente designada por UPECG, compete:
- a)Participar na gestão dos instrumentos financeiros nacionais e comunitários, bem como apoiar a definição e realização de estratégias de desenvolvimento e projectos de investimento neste âmbito;
- b)Coordenar os processos de integração dos objectivos de conservação da natureza e da biodiversidade nas políticas e programas sectoriais relevantes, designadamente a política agrícola, de pescas e da valorização territorial;
- c)Elaborar planos estratégicos no âmbito das atribuições do Instituto, nomeadamente o Programa Nacional da Conservação Natureza e da Biodiversidade, bem como assegurar o acompanhamento da Estratégia Nacional da Conservação da Natureza e da Biodiversidade e de outros planos e programas;
- d)Elaborar o plano de actividades do Instituto, bem como monitorizar a sua execução e elaborar o relatório anual de actividades;
- e)Definir e assegurar o controlo estratégico e operacional e a avaliação periódica do desempenho das estruturas orgânicas, através de instrumentos adequados;
- f)Definir a contabilidade analítica e o sistema de responsabilidades e de custeio baseado nas actividades do Instituto, bem como os necessários indicadores de controlo de gestão e respectiva análise de dados e justificação de desvios;
- g)Propor a adopção de sistemas de incentivos e estímulos, nacionais ou comunitários, aos sectores de actividade e estruturas empresariais envolvidos em projectos e actividades de conservação da natureza e da biodiversidade ou que tenham por finalidade a aplicação de medidas compensatórias dos desequilíbrios provocados pela observância de regras e condutas determinadas por objectivos de conservação da natureza e da biodiversidade.