A gestão do Programa é assegurada pelos seguintes órgãos:
- 1 -O Director do ciclo de estudos, um professor catedrático, ou um professor associado ou, excepcionalmente, um professor auxiliar, em qualquer dos casos membro do REQUIMTE - Laboratório Associado para a Química Verde, Tecnologias e Processos Limpos nomeado pelo Reitor da Universidade de acolhimento, ouvido o conselho científico e Técnico do REQUIMTE e obtido o acordo do Reitor da outra Universidade, segundo um princípio de rotatividade bienal entre as duas instituições.
- 2 -A Comissão Científica, constituída pelo Director do ciclo de estudos e por três docentes ou investigadores doutorados ou equiparados, por ele designados e garantindo a paridade entre as duas Universidades. Dois membros da Comissão Científica, um de cada Universidade, exercerão a coordenação local do ciclo de estudos, sendo um deles obrigatoriamente o Director.