O Conselho Científico da FCS é composto por até quinze membros, nos seguintes termos:
1) A Presidência da FCS, que preside ao Conselho;
2) A Coordenação Científica dos Departamentos;
3) Representantes eleitos, de acordo com o Método de Hondt, por cada uma das Comissões Científicas dos Departamentos, em número a refletir a dimensão dos vários departamentos, cumprindo com o espírito do n.º 3 do artigo 40.º dos Estatutos da UMa, contabilizando a Presidência para o número de representantes do seu Departamento;
4) Um representante de cada um dos Centros de Investigação ou dos seus Polos na UMa com avaliação de pelo menos Bom, no máximo de três, indicados pelos seus responsáveis.