Na área marinha do PNA consideram-se prioritários os seguintes objectivos:
- a)A preservação da biodiversidade marinha;
- b)A recuperação de habitats, nomeadamente as pradarias de fanerogâmicas marinhas;
- c)A investigação científica aplicada à conservação da natureza;
- d)A informação, sensibilização e educação ambientais;
- e)A adaptação progressiva das normas gerais de emissão de efluentes à capacidade do meio receptor característico;
- f)A promoção do turismo de natureza na óptica do desenvolvimento sustentável;
- g)O desenvolvimento sustentável pela promoção de actividades económico-tradicionais de base regional como a pesca tradicional com linhas e anzóis.