1 - O MSM engloba os matadouros existentes nas ilhas de São Miguel e de Santa Maria.
2 - O MSM é chefiado por um director, equiparado, para todos os efeitos, a subdirector-geral, cujo recrutamento será feito nos termos do artigo 3.º da Lei n.º 49/99, de 22 de Junho.
3 - O director do MSM será nomeado por despacho do Secretário Regional de Agricultura e Pescas ou, quando a escolha recaia sobre indivíduo não vinculado, por despacho conjunto do Presidente do Governo Regional e do Secretário Regional da Agricultura e Pescas, conforme resulta do disposto na alínea b) do n.º 6 do artigo 18.º do mesmo diploma.
4 - Sem prejuízo de outras competências que nele possam vir a ser delegadas, compete ao director do MSM:
a) Assegurar a gestão e coordenação da actividade global do MSM;
b) Colaborar na definição dos objectivos e linhas gerais de acção do MSM, no âmbito dos planos estabelecidos pelo Instituto de Alimentação e Mercados Agrícolas (IAMA) e pela Secretaria Regional da Agricultura e Pescas;
c) Assegurar a gestão integrada dos recursos financeiros, de acordo com as políticas superiormente determinadas, aplicando critérios de economia, eficiência e eficácia;
d) Propor à direcção do IAMA os planos, respectivos orçamentos e os relatórios de actividade;
e) Propor à direcção do IAMA medidas sobre a coordenação e articulação entre os serviços;
f) Propor à direcção do IAMA os horários de trabalho mais adequados ao funcionamento do MSM, observados os condicionalismos legais;
g) Propor à direcção do IAMA o plano de gestão provisional de pessoal para o MSM, bem como o correspondente plano de formação;
h) Desenvolver as acções necessárias ao cumprimento das normas sobre condições ambientais de segurança, higiene e segurança no trabalho;
i) Assegurar o cumprimento das normas relativas ao bem-estar animal, transporte de animais e condições hígio-sanitárias de funcionamento dos estabelecimentos de abate, preparação, tratamento e armazenamento de produtos frescos de origem animal e respectivos subprodutos.