A declaração de excepcional complexidade dos autos para efeitos de prorrogação da prisão preventiva e também para o aumento da obrigação de permanência na habitação tem de obedecer a despacho prévio do juiz de instrução, em que este analisa os respectivos pressupostos, já que é dever funcional do juiz pronunciar-se sobre a revogação, alteração e extinção das medidas de coacção, sendo que a declaração de excepcional complexidade de um processo constitui uma alteração da regra geral das medidas coactivas.
A omissão de notificação ao arguido do despacho que declara a excepcional complexidade do processo constitui mera irregularidade.